Chaque année met en lumière un thème central : « Gestion de la nature : espaces verts publics » en 2010, « Planification et urbanisme » en 2011, « Biodiversité et citoyenneté » en 2012, « L’eau, la ville, la vie ! » en 2013, « Agriculture urbaine et biodiversité » en 2014, "Nature en ville et changements climatiques" en 2015, "Sols et biodiversité" en 2016, "Aménager, rénover et bâtir en favorisant la biodiversité" en 2017, "Conception et gestion écologique des espaces de nature" en 2018, "Climat : la nature source de solutions" en 2019.
Le thème de l’édition 2020-2021 est « Eau & Biodiversité ». L’opération récompensera les communes et intercommunalités françaises agissant de manière conjointe dans la gestion écologique de la ressource en eau et de leurs espaces.
Les collectivités sont invitées à valoriser leurs actions en matière de préservation des zones humides, de restauration de la continuité écologique des cours d’eau et de leurs berges, mais aussi du littoral et du lien avec le milieu marin, de gestion des eaux pluviales, de désimperméabilisation, de lutte contre le risque d’inondation ou contre le changement climatique et ses conséquences via des solutions fondées sur la nature, de protection de la ressource en eau potable par la protection des milieux, etc.